如何使用Python對(duì)NetCDF數(shù)據(jù)做空間相關(guān)分析
引言:我一直想理解空間相關(guān)分析的計(jì)算思維,于是今天又拿起Python腳本和數(shù)據(jù)來做練習(xí)。首先需要說明的是,這次實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)和Python腳本均來自于[好久不見]大佬,在跟大佬說明之后,允許我寫到公眾號(hào)來與大家共享,在此對(duì)大佬的指點(diǎn)表示感謝,這次實(shí)驗(yàn)的腳本可在氣象家園或簡(jiǎn)書app(如果沒記錯(cuò)的話)搜索到這次實(shí)驗(yàn)的相關(guān)內(nèi)容,也可以微信或者后臺(tái)發(fā)消息給我獲取。在此之前我覺得自己還沒理解這個(gè)方法的計(jì)算思維,檢驗(yàn)的標(biāo)準(zhǔn)就是我能否迅速運(yùn)用到其他方面。于是今天又重新回來溫習(xí)一遍,我把自己的理解與大伙共同交流。
首先,數(shù)據(jù)的格式是NetCDF(.nc)數(shù)據(jù),兩個(gè)數(shù)據(jù)分別是[哈德來中心海溫sst數(shù)據(jù),pc數(shù)據(jù)是對(duì)東太平洋SSTA做的EOF獲取]。知道數(shù)據(jù)信息之后我們就準(zhǔn)備開始去運(yùn)行程序。原始腳本包括了回歸分析和相關(guān)分析兩部分,但是今天我做了空間相關(guān)分析這一部分,有興趣的可以到[好久不見]大佬的氣象家園閱讀喔!如果還沒有安裝Cartopy包的話請(qǐng)?jiān)诤笈_(tái)聯(lián)系我喔
為了方便理解每一步,我選擇去Jupyter運(yùn)行,因?yàn)榭梢砸欢我欢纬绦虻倪\(yùn)行,這是比較方便的。繪圖部分并不是很難,關(guān)鍵還是在于數(shù)據(jù)預(yù)處理部分。
空間相關(guān)分析的腳本如下:
import numpy as np #數(shù)值計(jì)算用,如相關(guān)系數(shù)import xarray as xr #讀取.nc文件用from sklearn.feature_selection import f_regression #做顯著性檢驗(yàn)import matplotlib.pyplot as plt #繪制和展示圖形用import cartopy.crs as ccrs #繪制地圖用,如果沒有安裝好的話,請(qǐng)?jiān)诤笈_(tái)聯(lián)系我import cartopy.feature as cfeature #添加一些矢量用,這里沒用到,因?yàn)槲覜]數(shù)據(jù)from cartopy.mpl.ticker import LongitudeFormatter, LatitudeFormatter #經(jīng)緯度格式設(shè)置import cmaps #ncl的color,如果沒有的話,請(qǐng)聯(lián)系我,也可以在氣象家園找到#使用上下文管理器讀取.nc數(shù)據(jù),并提取數(shù)據(jù)中的變量,可以提前用NASA的panoply這個(gè)軟件查看.nc信息with xr.open_dataset(r’D:inuyashacodeXcodeLEARNsst.DJF.mean.anom.nc’) as f1: pre = f1[’sst_anom’][:-1, :, :] # 三維數(shù)據(jù)全取,時(shí)間,緯度+經(jīng)度 lat, lon = f1[’lat’], f1[’lon’] #提取經(jīng)緯度,后面格網(wǎng)化需要用到pre2d = np.array(pre).reshape(pre.shape[0], pre.shape[1]*pre.shape[2])#0表示行個(gè)數(shù),1列代表的個(gè)數(shù),2經(jīng)度代表個(gè)數(shù)with xr.open_dataset(r’D:inuyashacodeXcodeLEARNpc.DJF.sst.nc’) as f2: pc = f2[’pc’][0, :]# 相關(guān)系數(shù)計(jì)算pre_cor = np.corrcoef(pre2d.T, pc)[:-1, -1].reshape(len(lat), len(lon))# 做顯著性檢驗(yàn)pre_cor_sig = f_regression(np.nan_to_num(pre2d), pc)[1].reshape(len(lat), len(lon))#用0代替NaNarea = np.where(pre_cor_sig < 0.05)# numpy的作用又來了 nx, ny = np.meshgrid(lon, lat) # 格網(wǎng)化經(jīng)緯度,打印出來看看就知道為什么要這么做了plt.figure(figsize=(16, 8)) #創(chuàng)建一個(gè)空畫布#讓colorbar字體設(shè)置為新羅馬字符plt.rcParams[’font.family’] = ’Times New Roman’plt.rcParams[’font.size’] = 16ax2 = plt.subplot(projection=ccrs.PlateCarree(central_longitude=180))# 在畫布上繪圖,這個(gè)叫axes,這不是坐標(biāo)軸喔ax2.coastlines(lw=0.4)ax2.set_global()c2 = ax2.contourf(nx, ny, pre_cor, extend=’both’, cmap=cmaps.nrl_sirkes, transform=ccrs.PlateCarree())plt.colorbar(c2,fraction=0.05,orientation=’horizontal’, shrink=0.4, pad=0.06)# extend關(guān)鍵字設(shè)置colorbar的形狀,both為兩端尖的,pad是距離主圖的距離,其他參數(shù)web搜索# 顯著性打點(diǎn)sig2 = ax2.scatter(nx[area], ny[area], marker=’+’, s=1, c=’k’, alpha=0.6, transform=ccrs.PlateCarree())# 凸顯顯著性區(qū)域plt.title(’Correlation Analysis’, fontdict={’family’ : ’Times New Roman’, ’size’ : 16})#標(biāo)題字體也修改為新羅馬字符,數(shù)字和因?yàn)榻ㄗh都用新羅馬字符ax2.set_xticks(np.arange(0, 361, 30),crs=ccrs.PlateCarree())# 經(jīng)度范圍設(shè)置,nunpy的作用這不就又來了嘛plt.xticks(fontproperties = ’Times New Roman’,size=16) #修改xy刻度字體為新羅馬字符plt.yticks(fontproperties = ’Times New Roman’,size=16)ax2.set_yticks(np.arange(-90, 90, 15),crs=ccrs.PlateCarree())# 設(shè)置yax2.xaxis.set_major_formatter(LongitudeFormatter(zero_direction_label = False))#經(jīng)度0度不加?xùn)|西ax2.yaxis.set_major_formatter(LatitudeFormatter())# 設(shè)置經(jīng)緯度格式,就是多少度顯示那樣的,而不是一些數(shù)字ax2.set_extent([-178, 178, -70, 70], crs=ccrs.PlateCarree())# 設(shè)置空間范圍plt.grid(color=’k’)# 畫一個(gè)網(wǎng)格吧plt.show()# 顯示出圖形
那么就運(yùn)行看看效果吧
如果覺得這個(gè)color不喜歡的話,就換一下ncl的來吧,ncl的顏色多而漂亮,喜歡啥就換啥
想要理解這個(gè)方法的計(jì)算思維,有必要觀察原始數(shù)據(jù)和數(shù)據(jù)處理之后的樣式,理解了數(shù)據(jù)樣式之后可能更有助于我們理解整個(gè)程序
import numpy as npimport xarray as xrfrom sklearn.feature_selection import f_regressionimport matplotlib.pyplot as pltimport cartopy.crs as ccrsimport cartopy.feature as cfeaturefrom cartopy.mpl.ticker import LongitudeFormatter, LatitudeFormatterimport cmapswith xr.open_dataset(r’D:inuyashacodeXcodeLEARNsst.DJF.mean.anom.nc’) as f1: pre = f1[’sst_anom’][:-1, :, :] # 三維數(shù)據(jù)全取,時(shí)間,緯度+經(jīng)度 lat, lon = f1[’lat’], f1[’lon’]pre2d = np.array(pre).reshape(pre.shape[0], pre.shape[1]*pre.shape[2])#0行代表的個(gè)數(shù),1緯度,2經(jīng)度#pre2d.shape是一個(gè)39行,16020列的矩陣,T之后就變?yōu)榱?6020行,39列with xr.open_dataset(r’D:inuyashacodeXcodeLEARNpc.DJF.sst.nc’) as f2: pc = f2[’pc’][0, :]#pc是一個(gè)39行的數(shù)組# # 相關(guān)系數(shù)pre_cor = np.corrcoef(pre2d.T, pc)[:-1, -1].reshape(len(lat), len(lon))#pre_cor.shape,(16020,)->reshape(89,180)# # 顯著性檢驗(yàn)# pre_cor_sig = f_regression(np.nan_to_num(pre2d), pc)[1].reshape(len(lat), len(lon))#用0代替NaN# area = np.where(pre_cor_sig < 0.05)nx, ny = np.meshgrid(lon, lat) # 格網(wǎng)化nx,ny
看看格網(wǎng)化后的經(jīng)緯度多規(guī)范啊。畫張圖來看看可能也會(huì)直觀一些。
好吧,今天的分享就到這里了,理解了這個(gè)計(jì)算思維,能更好地遷移運(yùn)用到其他研究方面,如果還沒有安裝Cartopy包的話請(qǐng)?jiān)诤笈_(tái)聯(lián)系我喔,如果需要測(cè)試數(shù)據(jù)和腳本請(qǐng)?jiān)诤笈_(tái)聯(lián)系我,當(dāng)然也可以去[好久不見]大佬的主頁。如果覺得這次分享不錯(cuò)的話,還請(qǐng)老鐵們點(diǎn)個(gè)贊,多多分享,歡迎交流學(xué)習(xí),感謝各位!
原始資料:http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=92816&highlight=%CF%D4%D6%F8%D0%D4%BC%EC%D1%E9%2B%CF%E0%B9%D8%B7%D6%CE%F6
以上就是如何使用Python對(duì)NetCDF數(shù)據(jù)做空間相關(guān)分析的詳細(xì)內(nèi)容,更多關(guān)于Python對(duì)NetCDF數(shù)據(jù)做空間分析的資料請(qǐng)關(guān)注好吧啦網(wǎng)其它相關(guān)文章!
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